Τα εμβόλια PCV2 εφαρμόστηκαν για πρώτη φορά στα κοπάδια χοίρων των Ηνωμένων Πολιτειών το 2006 και βασίζονται στον γονότυπο PCV2a. Ο εμβολιασμός είναι σαφώς αποτελεσματικός στην εξάλειψη του PCVAD και στην ουσιαστική μείωση των επιπέδων ιαιμίας. Ωστόσο, ο εμβολιασμός μπορεί να μην εξαλείψει τον PCV2 από αγέλες και μπορεί να οδηγήσει σε υψηλότερο επιπολασμό γονότυπων μη-PCV2a. Η εξέταση περισσοτέρων από 700 επιμελώς εφαρμοσμένων ακολουθιών PCV2 από τη βάση δεδομένων UMN-VDL δείχνει ότι η αύξηση του επιπολασμού του ιού του γονότυπου PCV2b άρχισε το 2005, πριν την ύπαρξη των εμβολίων. Η αναζωπύρωση των ιών γονότυπου PCV2a το 2011 δείχνει ότι ο PCV2a υπήρχε στις εγκαταστάσεις στις ΗΠΑ παρά τον εμβολιασμό. Έτσι, η μείωση των γονοτύπων PCV2a και PCV2b με την πάροδο του χρόνου και η αύξηση του PCV2d το 2012 μπορεί να οφείλεται περισσότερο σε άλλους, άγνωστους παράγοντες παρά στην ανοσολογική επιλογή που προκύπτει από τον εμβολιασμό με βάση το PCV2a.